Ngày 17/05/1989 Nhà máy thuốc trừ sâu Sài Gòn trực thuộc Chi cục Bảo Vệ Thực Vật Tp.HCM được thành lập theo quyết định số 369/NN/QĐ của Sở Nông Nghiệp và PTNN Tp.HCM.

Nhà máy hoạt động dưới hình thức bảo sổ cho Chi cục Thực Vật Tp.HCM. Tuy hoạt động trực thuộc chi cục bảo vệ thực vật Tp.HCM và chỉ mới sản xuất vài loại thuốc theo quy trình công nghệ của công ty Rhone Poulenc, nhưng do nhu cầu thị trường tăng nhanh nên sản phẩm của nhà máy sản xuất ra được tiêu thụ mạnh, nhà máy hoạt động mang lại hiệu quả cao. 

Do đó, ngày 18/02/1993, thực hiện quyết định số 68/QĐ-UB của UBND Tp.HCM, theo quy định 388/CP chính phủ, Nhà máy Thuốc trừ sâu Sài Gòn chuyển thành Xí nghiệp thuốc trừ sâu Sài Gòn. Xí nghiệp bắt đầu hoạt động như một đơn vị kinh tế hoạch toán độc lập, có tư cách pháp nhân và tách khỏi chi cục Bảo Vệ Thực Vật Tp.HCM.

Sau một năm đi vào hoạt động ồn định và kinh doanh có hiệu quả, sản phẩm của Xí nghiệp ngày càng mở rộng thị phần, đòi hỏi Xí nghiệp phải có một sự đầu tư phát triển tốt hơn.

Với những điều kiện thuận lợi cho việc mở rộng quy mô sản xuất, Xí nghiệp đã cải tiến quy trình công nghệ, đa dạng hoá sản phẩm nâng cao trình độ kinh tế kỹ thuật của CB-CNV.

Ngày 22/04/1994, theo quyết định số 1177/QĐ-UB-NC của UBND Tp.HCM, Xí nghiệp Thuốc trừ sâu Sài Gòn chính thức trở thành Công ty thuốc trừ sâu Sài Gòn.

Năm 1997, Công ty thuốc trừ sâu Sài Gòn là đơn vị thành viên trực thuộc Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn.

Đến ngày 30/06/2004, theo quyết định số 3131/QĐ-UB của UBND Tp.HCM. Công ty thuốc trừ sâu Sài Gòn đã chính thức đổi tên thành: Công ty TNHH 1 Thành viên BVTV Sài Gòn. 

Căn cứ Quyết định số 5698/QĐ-UBND ngày 27/12/2007của Ủy ban Nhân dân Thành Phố Hồ Chí Minh về việc phê duyệt phương án và chuyển đôỉ Công ty TNHH Một thành viên Bảo vệ thực vật Saigon thành Công ty Cổ phần Bảo vệ thực vật Sàigon.

Ngày 09/6/2008, Đại hội cổ đông lần đầu của Công ty Cổ phần Bảo vệ thực vật Sài gòn được tổ chức thông điều lệ tổ chức hoạt động, bầu Hội đồng quản trị, Ban Kiểm soát và thông qua phương án hoạt động kinh doanh 03 năm của Công ty.

Công ty cổ phần Bảo vệ Thực vật Sài gòn chính thức hoạt động theo mô hình mới kể từ ngày 14/6/2008 căn cứ giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số: 4103010609 ngày 14/6/2008 do Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành Phố Hồ Chí Minh cấp.

Vị trí địa lý: nằm bên cạnh bờ sông Sài Gòn, nơi tập trung các phương tiện giao thông, nhất là giao thông đường thuỷ với các cảng lớn như: Cảng Sài Gòn, Tân Thuận, VICT… rất thuận lợi cho việc sản xuất nhập khấu hang hoá từ nước ngoài vào Việt Nam và ngược lại.